个体户的汇算清缴在自然人税收管理中心进行申报，具体的操作流程如下：

1、纳税人在网站下载“自然人税收管理系统扣缴客户端”软件，安装并运行。

2、登陆扣缴客户端，进入生产经营申报通道。当单位类型是个体工商户、个人独资企业、合伙企业这三种类型之一的时候，进入系统后会显示生产经营申报通道，点击“生产经营”。

3、点击“预缴纳税申报”，系统自动获取企业核定信息，进入申报主界面。

我们需要注意的地方是，如果系统获取企业核定信息失败，可以点击“单位信息”→“征收方式”/“投资者信息”→“更新”，下载获取企业最新核定信息。下载成功后，重新点击“预缴纳税申报”进入申报表填写主界面。

4、按照系统提示填写申报表信息，填写无误后点击“保存”。系统校验“投资者减除费用”、“专项扣除”、“依法确定的其他扣除”是否存在任意一项非0，如果有则弹出“有综合所得时，投资者减除费用、专项扣除、依法确定的其他扣除，只能在综合所得申报中扣除，是否继续申报？”提示框，可根据实际情况点击“是”保存报表，或者点击“否”修改报表数据后重新点击“保存”→“是”。

5、点击“网上报税”→“网上申报”，进入申报表报送界面，系统自动生成已保存成功但没有报送的报表，勾选纳税人后点击“发送申报”。

补充：个体户和个人独资的区别是什么？

独资企业，即为个人出资经营、归个人所有和控制、由个人承担经营风险和享有全部经营收益的企业。 以独资经营方式经营的独资企业有无限的经济责任，破产时借方可以扣留业主的个人财产。

个体工商户，是指有经营能力并依照《个体工商户条例》的规定经工商行政管理部门登记，从事工商业经营的公民。《个体工商户条例》第2条第1款规定：“有经营能力的公民，依照本条例规定经工商行政管理部门登记，从事工商业经营的，为个体工商户。”

两者的区别在于规模的大小。个人独资企业是一个公司，可以自己雇员工。而个体工商户基本是自己独干。