一般实务中有多种处理，但是也有其他方式，下面是两种但不限于这两种：

1、相当于变相增加了员工扣费前的工资：

计提工资时：

借：管理费用、生产成本等，

贷：应付职工薪酬—工资（包含企业承担员工个人社保部分），

应付职工薪酬—养老、医疗等保险（单位承担部分），

发放工资时：

借：应付职工薪酬，

贷：银行存款，

应交税费-应交个人所得税，

作为工资薪金列支的部分，需要并入工资申报个税，该种情况通常可以按照工资薪金税前扣除。

2、列支为营业外支出，或作为一项费用，

借：营业外支出等（个人应承担的部分）也有计入管理费用的，

应付职工薪酬—养老、医疗等（单位承担的部分），

贷：银行存款。

单独计入成本费用科目的，可能会被认为是无关费用，一般是不可以在税前扣除的。不过可能不同地区税局意见不同，建议和当地税局的确认下口径比较好。