员工工资扣款主要看原因，如果是社保的扣款，可以直接其他应付款款—个人社保进行核算，具体的账务处理如下：

计提工资：

借：管理费用—工资，

贷：应付职工薪酬—工资，

发放工资：

借：应付职工薪酬—工资，

贷：银行存款，

其他应付款—个人社保，

应交税费—个人所得税，

缴个税时：

借：应交税费—个人所得税，

贷：银行存款，

社保计提：

借：管理费用—社保单位，

贷：应付职工薪酬—社保单位。

缴社保时：

借：应付职工薪酬—社保单位，

其他应付款—个人社保，

贷：银行存款。