差额预算单位是以收抵支实行差额预算管理的预算内事业单位，与全额预算单位相对应，两者之间存在管理形式、资金渠道、核算基础以及年终结余处理方法的区别。

差额预算单位的管理方法有三点：

一、全额管理、定额补助，即全额管理和收支之间的差额按照确定的定额由预算拨款单位进行补助。

二、全额管理、定项补助，即根据单位收支的安排情况对某个或几个项目由预算拨款单位进行补助。

三、全额管理、差额补助，即对单位的收支进行全面管理并就其差额由预算拨款单位进行补助。