货代公司发生收入，然后收到收入货款，应当通过“主营业务收入”科目以及“应收账款”相关二级科目核算。

借：应收账款，

贷：主营业务收入，

应交税费-应交增值税（销项税额），

货物运输代理服务，是指接受货物收货人、发货人、船舶所有人、船舶承租人或者船舶经营人的委托，以委托人的名义，为委托人办理货物运输、装卸、仓储和船舶进出港口、引航、靠泊等相关手续的业务活动。

依据：

财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知(财税〔2016〕36号)。