企业的存货发生了毁损应该处理：

企业的存货发生了毁损，应作为待处理财产损溢进行核算。按管理权限报经批准后，根据造成企业的存货发生毁损原因，进行处理。

属于自然灾害等非常原因造成的存货毁损，应先扣除处置收入(如残料价值)、可以收回的保险赔偿和过失人赔偿，将净损失计入营业外支出。

属于计量收发差错和管理不善等原因造成的存货短缺，应先扣除残料价值、可以收回的保险赔偿和过失人赔偿，将净损失计入管理费用。

非正常原因导致的存货盘亏或毁损，按规定不能抵扣的增值税进项税额，应当予以转出。