1、合作企业的组织形式，

合作企业可以申请为具有法人资格的合作企业，也可以申请为不具有法人资格的合作企业。具有法人资格的合作企业，其组织形式为有限责任公司。合作企业以其全部资产对其债务承担责任。不具有法人资格的合作企业，合作各方的关系是一种合伙关系。合作各方依照中国民事法律的有关规定，承担民事责任。

2、合作企业的组织机构，

合作企业在组织机构的设置上由较大的灵活性，同合营企业相比有很大的区别。具备法人资格的合作企业，一般设立董事会;不具备法人资格的合作企业，一般设立联合管理委员会。