支付境外佣金要代扣代缴增值税及附加税费。

《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件一规定，除财政部和国家税务总局另有规定外，境外单位或者个人在境内发生应税行为，在境内未设有经营机构的，以购买方为增值税扣缴义务人。扣缴义务人按照适用税率扣缴增值税，应扣缴税额的计算公式为：购买方支付的价款÷（1＋税率）×税率。

同时，按照《城市维护建设税暂行条例》《征收教育费附加的暂行规定》《关于统一地方教育附加政策有关问题的通知》（财综〔2010〕98号）等的规定，增值税的代扣代缴、代收代缴义务人，应按照相应规定计算缴纳城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加。

补充：支付境外佣金会计分录如何操作？

借：管理费用，

贷：应付账款（境外公司非居民企业），

借：应付账款（境外公司非居民企业），

贷：应交税费—应交增值税，

银行存款，

支付税款时：

借：应交税费—应交增值税，

贷：银行存款。